Projet DIVE-Sea

1. Collecte des spécimens 

Où sont effectuées les collectes ?

En Zone économique exclusive de la France (ZEE), notamment au niveau des stations marines et sites côtiers choisis en fonction de la biodiversité, de la géographie et de la faisabilité logistique.

Le Système d’Information de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN) recense près de 12 000 espèces marines sur les côtes de France métropolitaine.

De plus, compte tenu de la grande biodiversité dans les régions françaises d’outre-mer, DIVE-Sea explore également les biotopes représentatifs des récifs coralliens tropicaux et des mangroves dans les Caraïbes, l’Océan Indien, le Pacifique occidental et le Pacifique Sud.

Quelles espèces marines sont collectées ?

Les macroalgues, plantes et invertébrés (comme les mollusques, crustacés, annélides, cnidaires, ascidies, éponges…)

Les poissons (chondrichtyens et actinoptérygiens) sont collectés lors des campagnes de pêche (Ifremer recensent environ 1200 espèces, dont 900 espèces benthiques et pélagiques dans la ZEE française)

Les microalgues et protistes hétérotrophes proviennent principalement des collections de stations marines (notamment la Collection de Cultures de Roscoff, la plus grande et la plus diversifiée des collections publiques de micro-organismes marins au monde).

Quelles sont les méthodes de collectes ?

Une grande partie de la biodiversité marine est constituée de micro-organismes. C’est pourquoi ATLASea, intègre également des protocoles de collectes spécifiques :

Sur le littoral, des récoltes à vue permettent de collecter des espèces de la zone intertidale.

Des plongeurs collectent des espèces benthiques jusqu’à une profondeur d’environ 80 m, avec différentes méthodes : récolte à vue, aspirateur sous-marin pour les substrats meubles et brossage pour les substrats durs.

Des navires sont utilisés pour collecter des espèces pélagiques, démersales et benthiques, avec différentes méthodes : filets, dragues, et bennes pour le sédiment.

Les données de chaque collecte (date, heure, localisation, profondeur, habitat…) sont tracées et associées aux spécimens.

Les collectes sont ensuite ramenées au site de tri (station marine ou laboratoire de terrain) où les spécimens sont tamisés, triés puis identifiés avant la réalisation des prélèvements sur les espèces ciblées.

La collecte de certaines espèces sera réalisée par des scientifiques « ambassadeurs » spécialistes de ces espèces.

2. Identification 

L’identification des espèces marines est réalisée par des taxonomistes professionnels et amateurs français et internationaux.

Des activités telles que des ateliers de tri et des écoles thématiques seront organisées pour faciliter le transfert des connaissances taxonomiques pour l’identification de groupes spécifiques.

3. Échantillonnage 

Si le spécimen identifié n’a pas encore été séquencé par d’autres consortiums, il peut être échantillonné selon le processus suivant : anesthésie, euthanasie, photographie, nettoyage, dissection, mise en tubes des tissus prélevés, attribution d’un identifiant, inscription dans la base de données, congélation instantanée dans l’azote liquide pour préserver l’ADN, stockage dans des congélateurs.

Après chaque mission de collecte, les échantillons sont transportés en carbo-glace jusqu’au Genoscope pour la seconde étape du programme : SEQ-Sea.

4. Mise en collection

Après prélèvements de tissus pour le séquençage, les spécimens de référence intègrent les collections naturalistes du Muséum national d’Histoire naturelle.

Ils sont conservés en alcool, sec ou cryopréservés, informatisés, numérisés et sont mis à la disposition des chercheurs.