ATLASea produira un socle de données massives pour la recherche sur la biologie fondamentale et la santé pour les décennies à venir dans le domaine de l’évolution, la génétique, la biologie du développement, la phylogénomique, la taxonomie, la physiologie ou la biochimie, afin de comprendre et préserver les écosystèmes critiques pour la biodiversité, les sociétés humaines et l’économie ; pour améliorer des variétés importantes pour l’aqua- et l’agriculture ; et de manière à explorer de nouvelles sources d’alimentation humaine et animale.
Séquencer le génome de 4500 espèces sur les 12000 espèces recensées en ZEE métropolitaine et en outre-mer, à travers une couverture phylogénétique ciblée selon des critères visant à comprendre et analyser les écosystèmes particulièrement menacés, fragiles, biologiquement importants et économiquement stratégiques.