Le Laboratoire de Bioinformatique pour la GĂ©nomique et la BiodiversitĂ© (Genoscope, CEA) ouvre un poste de chercheur en bioinformatique et gĂ©nomique comparative dans le cadre du programme ATLASea « Atlas des gĂ©nomes marins : des donnĂ©es massives Ă  l’innovation ». Le poste est basĂ© au Genoscope Ă  Evry, près de Paris, France.

L’environnement

Le Genoscope (www.genoscope.cns.fr) a Ă©tĂ© fondĂ© en 1996 pour contribuer au projet du gĂ©nome humain et dĂ©velopper des programmes de gĂ©nomique en France. Le Genoscope s’est ensuite tournĂ© vers la gĂ©nomique environnementale. Le Genoscope fait partie du CEA (Commissariat Ă  l’Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives, www.cea.fr) et dĂ©veloppe des mĂ©thodes et des projets pour l’exploration de la biodiversitĂ©, notamment en ce qui concerne le sĂ©quençage de l’ADN Ă  grande Ă©chelle et la bio-informatique. Les projets couvrent l’ensemble de la biodiversitĂ©, en particulier la gĂ©nomique des plantes et des champignons et la mĂ©tagĂ©nomique des Ă©cosystèmes complexes. A travers l’investigation et la caractĂ©risation de la biodiversitĂ©, le Genoscope s’engage Ă  contribuer au dĂ©veloppement de solutions biologiques durables dans le domaine de la chimie de synthèse.

Le Genoscope contribue ainsi au sĂ©quençage de nombreuses espèces vĂ©gĂ©tales (oranger, cafĂ©ier, cacaoyer, bananier, colza, blĂ©, etc.) et animales (vison d’Europe, oiseaux, mĂ©duses, oursins, coraux), Ă©tape cruciale pour les progrès de l’agronomie et la comprĂ©hension de l’Ă©volution. Le Genoscope contribue Ă©galement Ă  la dĂ©couverte d’organismes microscopiques inconnus grâce Ă  la mĂ©tagĂ©nomique, dĂ©sormais possible grâce au dĂ©veloppement de nouvelles technologies de sĂ©quençage et Ă  l’augmentation des capacitĂ©s de traitement des donnĂ©es bioinformatiques. La mĂ©tagĂ©nomique a par exemple Ă©tĂ© utilisĂ©e pour Ă©tudier la diversitĂ© des ocĂ©ans du monde (Mission Tara Oceans, https://fondationtaraocean.org/en/home/).

Le Genoscope est situĂ© Ă  Evry (rĂ©gion ĂŽle-de-France), Ă  une trentaine de kilomètres au sud de Paris. Evry est un pĂ´le d’innovation et de dĂ©couverte scientifique, qui dispose d’une communautĂ© de recherche en gĂ©nomique florissante avec des institutions de classe mondiale, telles que la Genopole, un biocluster renommĂ© dĂ©diĂ© Ă  la gĂ©nomique et Ă  la gĂ©nĂ©tique (www.genopole.com).

Le laboratoire

Le candidat retenu rejoindra le Laboratoire de Bioinformatique pour la GĂ©nomique et la BiodiversitĂ© (LBGB, www.genoscope.cns.fr/lbgb) du Genoscope, composĂ© d’une vingtaine de bioinformaticiens. Le LBGB est en charge de la gestion et de l’analyse des donnĂ©es de sĂ©quençage produites au Genoscope, avec un large intĂ©rĂŞt pour les dĂ©veloppements mĂ©thodologiques et une grande expĂ©rience dans l’assemblage de novo, la prĂ©diction de gènes et la gĂ©nomique comparative de gĂ©nomes et d’Ă©chantillons complexes. Notre laboratoire a Ă©tĂ© l’un des principaux acteurs de plusieurs projets de gĂ©nomique et a gĂ©nĂ©rĂ© et publiĂ© plusieurs gĂ©nomes eucaryotes de rĂ©fĂ©rence ainsi que plusieurs outils bioinformatiques dĂ©diĂ©s Ă  l’analyse des donnĂ©es gĂ©nomiques. Depuis peu, le LBGB coordonne un projet dans le cadre du programme ATLASea qui vise Ă  produire un gĂ©nome de haute qualitĂ© pour 4 500 espèces eucaryotes marines.

Séquencer la biodiversité

Les initiatives visant Ă  sĂ©quencer la biodiversitĂ© impliquent des efforts Ă  grande Ă©chelle pour dĂ©coder l’information gĂ©nĂ©tique de diverses espèces sur Terre. Ces initiatives sont cruciales pour la comprĂ©hension et la conservation des divers Ă©cosystèmes de la Terre. LancĂ© en 2018, le projet Earth BioGenome Project (EBP, https://www.earthbiogenome.org/) a pour objectif de sĂ©quencer les gĂ©nomes de toutes les espèces eucaryotes connues sur Terre, dont le nombre est estimĂ© Ă  environ 1,5 million. Ce projet ambitieux permettra de mieux comprendre la diversitĂ© de la vie et d’Ă©clairer les efforts de conservation. En Europe, le consortium ERGA (https://www.erga-biodiversity.eu/) et Biodiversity Genomics Europe (BGE, https://biodiversitygenomics.eu/) ont pour objectif principal de gĂ©nĂ©rer des gĂ©nomes de rĂ©fĂ©rence de haute qualitĂ© pour toutes les espèces eucaryotes d’Europe. En tant qu’affiliĂ© Ă  l’EBP, l’ERGA sert Ă©galement de cadre aux nĹ“uds nationaux de l’EBP en Europe (par exemple, le programme ATLASea en France et le Darwin Tree of Life au Royaume-Uni).

Programme ATLASea et projet SEQ-Sea

ATLASea est l’un des laurĂ©ats des programmes exploratoires PEPR, qui ciblent des secteurs scientifiques ou technologiques Ă©mergents pour lesquels le gouvernement français estime nĂ©cessaire d’identifier et de structurer des communautĂ©s. CopilotĂ© par le CNRS et le CEA, le programme ATLASea vise Ă  sĂ©quencer les gĂ©nomes de 4 500 espèces marines, majoritairement de France mĂ©tropolitaine, mais aussi d’outre-mer. Les espèces sĂ©lectionnĂ©es seront Ă©chantillonnĂ©es par le projet ciblĂ© DIVE-Sea. Les Ă©chantillons seront confiĂ©s aux Ă©quipes du Projet CiblĂ© SEQ-Sea pour produire des assemblages de gĂ©nomes associĂ©s Ă  des annotations structurales de qualitĂ©. Le Projet CiblĂ© BYTE-Sea centralisera toutes les donnĂ©es gĂ©nomiques produites par le programme ATLASea dans un portail unique et intĂ©grera les gĂ©nomes d’organismes apparentĂ©s sĂ©quencĂ©s par d’autres consortiums.
Le programme ATLASea permettra de dĂ©crypter et d’exploiter cette colossale richesse d’informations sur les espèces marines des cĂ´tes françaises. Il garantira l’interopĂ©rabilitĂ© et la sĂ©curitĂ© des donnĂ©es, et facilitera leur diffusion et leur utilisation selon les principes FAIR et Open Science. FinancĂ© par une subvention de 41,3 millions d’euros sur 8 ans dans le cadre de France 2030, le projet permettra de comprendre, d’Ă©tudier et de prĂ©server une grande diversitĂ© de formes de vie marine.

Rôle et responsabilités

En tant que chercheur en gĂ©nomique, vous jouerez un rĂ´le essentiel dans l’avancement de notre comprĂ©hension de la diversitĂ© gĂ©nĂ©tique et des relations Ă©volutives entre les espèces, telles que les interactions symbiotiques. Votre travail consistera Ă  exploiter les gĂ©nomes complets obtenus dans le cadre du programme ATLASea et plus gĂ©nĂ©ralement du projet EBP, en utilisant des techniques de pointe (telles que les mĂ©thodes basĂ©es sur l’IA) pour approfondir les Ă©tudes comparatives au niveau gĂ©nomique.

Dans ce rĂ´le, vous analyserez et interprĂ©terez les relations Ă©volutives et la symbiose Ă  partir de gĂ©nomes complets extraits d’Ă©chantillons environnementaux, mais vous intĂ©grerez Ă©galement ces rĂ©sultats aux donnĂ©es mĂ©tagĂ©nomiques des projets Tara Ocean. Ce faisant, vous contribuerez Ă  une comprĂ©hension globale des Ă©cosystèmes marins et de leurs paysages gĂ©nomiques complexes.

Vos responsabilitĂ©s iront au-delĂ  de l’analyse et incluront la supervision du dĂ©veloppement d’outils informatiques et de pipelines, garantissant l’analyse efficace et prĂ©cise d’ensembles de donnĂ©es gĂ©nomiques Ă  grande Ă©chelle.

En outre, vous jouerez un rĂ´le clĂ© dans le partage des rĂ©sultats de nos recherches avec la communautĂ© scientifique. Cela implique de contribuer Ă  des publications dans des revues Ă  comitĂ© de lecture et de prĂ©senter des rĂ©sultats lors de confĂ©rences scientifiques, favorisant ainsi la collaboration et l’Ă©change de connaissances.

En tant que membre de notre Ă©quipe, vous resterez Ă  la pointe des progrès de la gĂ©nomique, de la gĂ©nomique comparative et des domaines connexes. Votre engagement Ă  rester informĂ© des derniers dĂ©veloppements jouera un rĂ´le crucial dans l’Ă©laboration de nos stratĂ©gies de recherche.

Qualifications requises

  • Doctorat en gĂ©nomique, en bioinformatique, en gĂ©nĂ©tique ou dans un domaine connexe, avec un intĂ©rĂŞt marquĂ© pour la gĂ©nomique comparative et la biologie Ă©volutive
  • ExpĂ©rience avĂ©rĂ©e du travail avec des gĂ©nomes complets et de haute qualitĂ©
  • MaĂ®trise des outils bioinformatiques et des langages de programmation couramment utilisĂ©s dans la recherche en gĂ©nomique (par exemple, Python, R et les progiciels pertinents). Une expertise dans l’utilisation de grappes de calcul Ă  haute performance et de grilles de calcul est un atout
  • Un intĂ©rĂŞt marquĂ© pour les mĂ©thodes fondĂ©es sur l’intelligence artificielle serait Ă©galement un avantage, en particulier dans le domaine de la gĂ©nomique
  • Excellentes aptitudes Ă  la communication et capacitĂ© Ă  travailler en collaboration dans un environnement axĂ© sur le travail d’Ă©quipe

Précisions

Durée du contrat : contrat à durée indéterminée
Le salaire sera proportionnel aux qualifications et conforme aux Ă©chelles de salaire du CEA.
Date de début prévue : printemps/été 2024
Localisation : Evry, à 30 kilomètres de Paris. Facilement accessible par les transports en commun.
Nous offrons un environnement très stimulant avec des infrastructures de pointe.
Horaires de travail flexibles et télétravail.

Toutes les candidatures doivent être adressées à job-lbgb@genoscope.cns.fr et inclure :

  • Une lettre de motivation
  • Un CV complet incluant les coordonnĂ©es de contact
  • Les noms et coordonnĂ©es d’au moins deux personnes de rĂ©fĂ©rence

Pour plus d’informations : https://www.genoscope.cns.fr/externe/lbgb/positions.html

Recrutement ATLASea: Chercheur en bioinformatique et génomique comparative (F/H) [CLOTURE]
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