Recrutement ATLASea: Chercheur en bioinformatique et génomique comparative (F/H)

Le Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité (Genoscope, CEA) ouvre un poste de chercheur en bioinformatique et génomique comparative dans le cadre du programme ATLASea « Atlas des génomes marins : des données massives à l’innovation ». Le poste est basé au Genoscope à Evry, près de Paris, France.

L’environnement

Le Genoscope (www.genoscope.cns.fr) a été fondé en 1996 pour contribuer au projet du génome humain et développer des programmes de génomique en France. Le Genoscope s’est ensuite tourné vers la génomique environnementale. Le Genoscope fait partie du CEA (Commissariat à l’Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives, www.cea.fr) et développe des méthodes et des projets pour l’exploration de la biodiversité, notamment en ce qui concerne le séquençage de l’ADN à grande échelle et la bio-informatique. Les projets couvrent l’ensemble de la biodiversité, en particulier la génomique des plantes et des champignons et la métagénomique des écosystèmes complexes. A travers l’investigation et la caractérisation de la biodiversité, le Genoscope s’engage à contribuer au développement de solutions biologiques durables dans le domaine de la chimie de synthèse.

Le Genoscope contribue ainsi au séquençage de nombreuses espèces végétales (oranger, caféier, cacaoyer, bananier, colza, blé, etc.) et animales (vison d’Europe, oiseaux, méduses, oursins, coraux), étape cruciale pour les progrès de l’agronomie et la compréhension de l’évolution. Le Genoscope contribue également à la découverte d’organismes microscopiques inconnus grâce à la métagénomique, désormais possible grâce au développement de nouvelles technologies de séquençage et à l’augmentation des capacités de traitement des données bioinformatiques. La métagénomique a par exemple été utilisée pour étudier la diversité des océans du monde (Mission Tara Oceans, https://fondationtaraocean.org/en/home/).

Le Genoscope est situé à Evry (région Île-de-France), à une trentaine de kilomètres au sud de Paris. Evry est un pôle d’innovation et de découverte scientifique, qui dispose d’une communauté de recherche en génomique florissante avec des institutions de classe mondiale, telles que la Genopole, un biocluster renommé dédié à la génomique et à la génétique (www.genopole.com).

Le laboratoire

Le candidat retenu rejoindra le Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité (LBGB, www.genoscope.cns.fr/lbgb) du Genoscope, composé d’une vingtaine de bioinformaticiens. Le LBGB est en charge de la gestion et de l’analyse des données de séquençage produites au Genoscope, avec un large intérêt pour les développements méthodologiques et une grande expérience dans l’assemblage de novo, la prédiction de gènes et la génomique comparative de génomes et d’échantillons complexes. Notre laboratoire a été l’un des principaux acteurs de plusieurs projets de génomique et a généré et publié plusieurs génomes eucaryotes de référence ainsi que plusieurs outils bioinformatiques dédiés à l’analyse des données génomiques. Depuis peu, le LBGB coordonne un projet dans le cadre du programme ATLASea qui vise à produire un génome de haute qualité pour 4 500 espèces eucaryotes marines.

Séquencer la biodiversité

Les initiatives visant à séquencer la biodiversité impliquent des efforts à grande échelle pour décoder l’information génétique de diverses espèces sur Terre. Ces initiatives sont cruciales pour la compréhension et la conservation des divers écosystèmes de la Terre. Lancé en 2018, le projet Earth BioGenome Project (EBP, https://www.earthbiogenome.org/) a pour objectif de séquencer les génomes de toutes les espèces eucaryotes connues sur Terre, dont le nombre est estimé à environ 1,5 million. Ce projet ambitieux permettra de mieux comprendre la diversité de la vie et d’éclairer les efforts de conservation. En Europe, le consortium ERGA (https://www.erga-biodiversity.eu/) et Biodiversity Genomics Europe (BGE, https://biodiversitygenomics.eu/) ont pour objectif principal de générer des génomes de référence de haute qualité pour toutes les espèces eucaryotes d’Europe. En tant qu’affilié à l’EBP, l’ERGA sert également de cadre aux nœuds nationaux de l’EBP en Europe (par exemple, le programme ATLASea en France et le Darwin Tree of Life au Royaume-Uni).

Programme ATLASea et projet SEQ-Sea

ATLASea est l’un des lauréats des programmes exploratoires PEPR, qui ciblent des secteurs scientifiques ou technologiques émergents pour lesquels le gouvernement français estime nécessaire d’identifier et de structurer des communautés. Copiloté par le CNRS et le CEA, le programme ATLASea vise à séquencer les génomes de 4 500 espèces marines, majoritairement de France métropolitaine, mais aussi d’outre-mer. Les espèces sélectionnées seront échantillonnées par le projet ciblé DIVE-Sea. Les échantillons seront confiés aux équipes du Projet Ciblé SEQ-Sea pour produire des assemblages de génomes associés à des annotations structurales de qualité. Le Projet Ciblé BYTE-Sea centralisera toutes les données génomiques produites par le programme ATLASea dans un portail unique et intégrera les génomes d’organismes apparentés séquencés par d’autres consortiums.
Le programme ATLASea permettra de décrypter et d’exploiter cette colossale richesse d’informations sur les espèces marines des côtes françaises. Il garantira l’interopérabilité et la sécurité des données, et facilitera leur diffusion et leur utilisation selon les principes FAIR et Open Science. Financé par une subvention de 41,3 millions d’euros sur 8 ans dans le cadre de France 2030, le projet permettra de comprendre, d’étudier et de préserver une grande diversité de formes de vie marine.

Rôle et responsabilités

En tant que chercheur en génomique, vous jouerez un rôle essentiel dans l’avancement de notre compréhension de la diversité génétique et des relations évolutives entre les espèces, telles que les interactions symbiotiques. Votre travail consistera à exploiter les génomes complets obtenus dans le cadre du programme ATLASea et plus généralement du projet EBP, en utilisant des techniques de pointe (telles que les méthodes basées sur l’IA) pour approfondir les études comparatives au niveau génomique.

Dans ce rôle, vous analyserez et interpréterez les relations évolutives et la symbiose à partir de génomes complets extraits d’échantillons environnementaux, mais vous intégrerez également ces résultats aux données métagénomiques des projets Tara Ocean. Ce faisant, vous contribuerez à une compréhension globale des écosystèmes marins et de leurs paysages génomiques complexes.

Vos responsabilités iront au-delà de l’analyse et incluront la supervision du développement d’outils informatiques et de pipelines, garantissant l’analyse efficace et précise d’ensembles de données génomiques à grande échelle.

En outre, vous jouerez un rôle clé dans le partage des résultats de nos recherches avec la communauté scientifique. Cela implique de contribuer à des publications dans des revues à comité de lecture et de présenter des résultats lors de conférences scientifiques, favorisant ainsi la collaboration et l’échange de connaissances.

En tant que membre de notre équipe, vous resterez à la pointe des progrès de la génomique, de la génomique comparative et des domaines connexes. Votre engagement à rester informé des derniers développements jouera un rôle crucial dans l’élaboration de nos stratégies de recherche.

Qualifications requises

• Doctorat en génomique, en bioinformatique, en génétique ou dans un domaine connexe, avec un intérêt marqué pour la génomique comparative et la biologie évolutive
• Expérience avérée du travail avec des génomes complets et de haute qualité
• Maîtrise des outils bioinformatiques et des langages de programmation couramment utilisés dans la recherche en génomique (par exemple, Python, R et les progiciels pertinents). Une expertise dans l’utilisation de grappes de calcul à haute performance et de grilles de calcul est un atout
• Un intérêt marqué pour les méthodes fondées sur l’intelligence artificielle serait également un avantage, en particulier dans le domaine de la génomique
• Excellentes aptitudes à la communication et capacité à travailler en collaboration dans un environnement axé sur le travail d’équipe

Précisions

Durée du contrat : contrat à durée indéterminée
Le salaire sera proportionnel aux qualifications et conforme aux échelles de salaire du CEA.
Date de début prévue : printemps/été 2024
Localisation : Evry, à 30 kilomètres de Paris. Facilement accessible par les transports en commun.
Nous offrons un environnement très stimulant avec des infrastructures de pointe.
Horaires de travail flexibles et télétravail.

Toutes les candidatures doivent être adressées à job-lbgb@genoscope.cns.fr et inclure :

• Une lettre de motivation
• Un CV complet incluant les coordonnées de contact
• Les noms et coordonnées d’au moins deux personnes de référence

Pour plus d’informations : https://www.genoscope.cns.fr/externe/lbgb/positions.html