Missions :
La personne recrutée aura pour mission de développer de nouvelles solutions informatiques pour construire des familles de gènes et reconstruire leur histoire évolutive à partir de données de synténie et d’évolution moléculaire. La personne recrutée exécutera les calculs nécessaires pour maintenir à jour le portail ATLASea avec les données de génomique comparative issues d’outils existants et des nouveaux outils développés.
Activités :
- Mettre en place des solutions innovantes (modèle de données, algorithmes) pour répondre aux challenges technologiques de comparaison de milliers de génomes eucaryotes annotés
- Participer au développement de nouvelles méthodes bioinformatiques avec les chercheurs de l’équipe
- Développer les workflows d’analyse avec une parallélisation des tâches sur un cluster de calcul (HPC)
- Collaborer avec les différents acteurs du projet ATLASea, pour favoriser une qualité et une reproductibilité optimales des données et leur mise à disposition auprès de la communauté internationale
- Organiser, préparer et maintenir des pipelines d’analyse de données bioinformatiques selon les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable : https://www.ouvrirlascience.fr/fair-principles/)
- Structurer et gérer le stockage à long terme des données de génomique comparative en collaboration avec les partenaires du projet BYTE-Sea
- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique / biologie computationnelle
- Diffuser des résultats (résultats biologiques, développements des outils d’analyse) sous forme de présentations orales et de publications.
Le poste intervient dans le projet ciblé BYTE-Sea, qui développera l’infrastructure informatique d’ATLASea et les outils de traitement et d’analyse des données mises à la disposition de la communauté internationale. L’ingénieur recruté travaillera au sein de l’équipe DYOGEN (Dynamique et Organisation des Génomes) à l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS), en interaction régulière avec les autres ingénieurs bioinformaticiens impliqués dans les laboratoires partenaires du PEPR ATLASea. L’IBENS est un institut de recherche fondamentale multidisciplinaire dans le 5ème arrondissement de Paris. Il dispose de plateformes de premier plan, dont un cluster de calcul de 4000 cœurs.
Type de contrat : CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d’embauche prévue : 1 mars 2024
Quotité de travail : Temps complet
Niveau d’études souhaité : Bac+5 et plus
Date Limite Candidature : jeudi 1 février 2024